Arhiv Instituta je najveći takve vrste u Bosni i Hercegovini i može se podijeliti na dvije cjeline: muzikološku i etnomuzikološku. Muzikološki arhiv se sastoji od rukopisa i muzičkih djela bosanskohercegovačkih kompozitora Miroslava Špilera, Mladena Pozajića, Milana Jeličanina i Mladena Stahuljka, koji su svoju zaostavštinu darovali Muzičkoj akademiji u Sarajevu. Pored navedene građe, Institut posjeduje i digitalne kopije rukopisnog materijala i notnih zapisa koji su prikupljeni istraživačkim radom u periodu od 2004. godine do danas.
Etnomuzikološki arhiv sadrži rukopisni materijal, fotografije, crteže i zvučne snimke (s popratnim katalozima) nastale tokom terenskih istraživanja (1953-1991). Institut za muzikologiju sadrži četiri zbirke sa oko snimljenih 850 magnetofonskih traka, koje se tretiraju kao naučni tonski zapisi, odnosno akustički izvori koji su napravljeni tokom određenih istrživačkih projekata sa specifičnim fokusom i kontroliranim okolnostima. Najznačajniju i najveću kolekciju čine snimci iz legata akademika Cvjetka Rihtmana (1953-1974), a potom i kolekcije Miroslave Fulanović-Šošić (1960-1990), Jasne Spajić-Hadžisalihović (1970-1980) i Vinka Krajtmajera (1970-1991).
Zahvaljujući suradnji s drugim institucijama i istraživačima, Institut posjeduje digitalne kopije rukopisnog materijala Fridricha Kraussa, Gerharda Gesemanna, te historijskih naučnih zvučnih snimaka bosanskohercegovačke nastalih do 1937. Od 2000. godine, Odsjek za muzikologiju i etnomuzikologiju organizira i nova terenska istraživanja, a snimci i popratna dokumentacija se pohranjuju u Institutu za muzikologiju. Građa Instituta za muzikologiju raspoloživa je prvenstveno uposlenicima i studentima Muzičke akademije, a djelimično i javnosti. Ustanove i pojedinci zainteresirani za neki od navedenih segmenata dokumentacije u svrhu naučnih i stručnih istraživanja mogu se obratititi Institutu za muzikologiju.
Informacije se mogu dobiti radnim danom od 10.00 -13.00 sati na telefon 00387 33 44 21 26 ili putem e-maila institut@mas.unsa.ba.